农用深水井潜水泵控制水流的方法主要有以下几种：

1. 调整转速：潜水泵的水量取决于转速，因此调整转速可以控制水量大小。可以通过更换电机或调整供电电压来实现。
2. 改变出水口直径：出水口直径的大小决定了水流的大小，因此可以通过更换出水口或安装调节阀来改变出水口的直径，从而控制水量。
3. 调整提升高度：潜水泵的提升高度是指泵的出口水位相对于泵的安装位置高度的差值，这个差值会影响到水流量。可以通过调整水泵的安装高度来控制水量。
4. 节流调节：对于出水管路安装闸阀的水泵装置，把闸阀关小时，在管路中增加了局部阻力，则管路特性曲线变陡，其工况点就沿着水泵的Q-H曲线向左上方移动。闸阀关得越小，增加的阻力越大，流量就变得越小。这种通过关小闸阀来改变水泵工况点的方法，称为节流调节或变阀调节。

需要注意的是，无论采用哪种方法，都需要注意操作规范，以免对潜水泵造成损坏。同时，也要根据实际情况选择合适的方法来控制水流。